Nazwa Według niemieckiego językoznawcy Heinricha Adamy’ego nazwa jest patronimiczną nazwą pochodzącą od założyciela wsi lub jej patrona o imieniu Malk. W swoim dziele o nazwach miejscowych na Śląsku wydanym w 1888 roku we Wrocławiu jako starszą od niemieckiej przytacza nazwę w obecnej polskiej formie - Malkowice podając jej znaczenie "Dorf der Malk" - "Wieś Malka".
Ze względu na swoje polskie pochodzenie w 1936 nazwa Malkowitz została zmieniona przez nazistowską administrację III Rzeszy na nową, całkowicie niemiecką nazwę Kleinau.
1 października 1948 r. nadano miejscowości, wówczas administracyjnie związanej z Dobieszowicami, polską nazwę MałkowiceRozporządzenie Ministrów Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 1 października 1948 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości ().. Nazwa została zmieniona na Malkowice 1 stycznia 2007.
Historia mały|lewo|Malkowice (Kl Malkowitz i Gr Malkowitz) wśród miejscowości ziemi prudnickiej na mapie z XIX wieku W XV wieku wieś znalazła się w granicach księstwa głogówecko-prudnickiego.
W 1921 w zasięgu plebiscytu na Górnym Śląsku znalazła się tylko część powiatu prudnickiego.