Schirmvogtei) nad klasztorem objęli palatynowie reńscy. Wiosną 1504 klasztor po siedmiodniowym oblężeniu przez wojska księcia Ulryka Wirtemberskiego poddał się i został wcielony do Wirtembergii.
Szkoła klasztorna Przynależność do protestanckiej Wirtembergii wymusiła zmiany. Maulbronn w początkowym okresie miał zapewnić zakwaterowanie mnichom opuszczającym katolickie klasztory męskie w Wirtembergii. Przeor i konwent zostali przesiedleni w 1537 do opactwa Pairis w Alzacji. Po klęsce Wirtembergii w pierwszej wojnie szmalkaldzkiej (1546-47) klasztor został na krótko zwrócony konwentowi.
Na mocy pokoju augsburskiego zawartego w 1555 r. protestanccy książęta otrzymali prawo do stanowienia o obowiązującej religii w państwie, zgodnie z zasadą cuius regio, eius religio (pol. czyja władza, tego religia). Wkrótce potem, w 1556 r. książę Wirtembergii wydał regulację klasztorną (niem. Klosterordnung) dającą podstawę do przekształcenia wszystkich męskich klasztorów Wirtembergii w ewangelickie szkoły klasztorne.