Profilaktycznie przeciw WZW B stosuje się szczepienia ochronne. Światowa Organizacja Zdrowia zaleca podanie szczepionki w ciągu 24 godzin po urodzeniu. W Polsce szczepienia są obowiązkowe w 1 dobie życia dla osób urodzonych od 1996 roku.
Zaleca się szczepienia przed zabiegami chirurgicznymi. Szczepienie podaje się je podskórnie najczęściej według schematu 0–1–6 miesiąc. Możliwe jest szybkie uodpornienie według schematu 0–7–21 dzień, z dawką przypominającą po roku. Jest ono stosowane rzadko, gdyż daje mniejszą skuteczność. Stosowane np. przed zabiegami chirurgicznymi u osób wcześniej nieszczepionych lub w nagłych wyjazdach do stref endemicznych. Nie ma potrzeby stosowania dawek przypominających, zalecając jedynie podawanie pojedynczej dawki szczepionki co 5–10 lat u chorych z niektórymi zaburzeniami immunologicznymi.
Istnieją szczepionki skojarzone np. zabezpieczające równocześnie przeciw HBV i HAV. Ich skuteczność jest taka sama jak szczepionki monowalentnej. Nie istnieje możliwość zakażenia się wirusowym zapaleniem wątroby typu B poprzez szczepionkę, ponieważ