Światowa Organizacja Zdrowia w leczeniu przewlekłego zapalenia wątroby typu B zaleca stosowanie entekawiru lub tenofowiru jako leków pierwszego rzutu. Osoby z marskością wątroby najbardziej potrzebują leczenia.
Stosowanie interferonu, który wymagał iniekcji codziennie lub trzy razy w tygodniu, został zastąpiony przez pegylowany interferon, który wtryskuje się raz na tydzień. Leczenie zmniejsza replikację wirusa w wątrobie, zmniejszając tym samym wiremię. Odpowiedź na leczenie zależy od genotypu. Leczenie interferonem prowadzi do serokonwersji HBe u 37% zakażonych genotypem A i 6% zakażonych genotypem D. W przypadku genotypów B i C serokonwersja zachodzi w 15% przypadków. Trwała utrata antygenu HBe po leczeniu wynosi około 45% w przypadku genotypów A i B oraz 25–30% w przypadku genotypów C i D.
Profilaktyka HBV ulega zniszczeniu po 60 minutach podczas sterylizacji suchym powietrzem w temperaturze 160 °C, w autoklawie po 30 minutach. Gotowanie nie niszczy cząstek wirusa. Wrażliwy na środki dezynfekcyjne na bazie chloru (podchloryn sodowy, chloramina). W temperaturze pokojowej lub zamrożony może przetrwać wiele lat. Wirus HBV jest bardzo mało wrażliwy na promieniowanie ultrafioletowe.