W dolnym i środkowym odcinku potoku trwały przez ponad 100 lat prace wydobywcze związane z przemysłem ceglarskim – wydobywano iły warwowe i gliny zwałowe (Rudnicze i Świerczewo). W związku z tym powstało tutaj około 40 różnej wielkości (od 0,2 do 12 ha) zbiorników wodnych – glinianek. W latach 70. XX w. uznano te tereny za jedne z najcenniejszych przyrodniczo na terenie Poznania i objęto ochroną w ramach użytków ekologicznych: Strumień Junikowski (94 ha), Kopanina I (58 ha), Kopanina II (68 ha). Na terenie użytku Strumień Junikowski występowały 433 taksony roślin naczyniowych z 74 rodzin. Flora zdominowana była przez gatunki rodzime (75,3%). Występowały gatunki roślin charakterystyczne dla lasów, terenów podmokłych, łąk oraz muraw napiaskowych, w tym gatunki chronione (kocanki piskowe, bobrek trójlistkowy i jaskier wielki). Wśród gatunków rzadkich i zagrożonych w mieście oraz regionie występowały m.in. turzyca długokłosa, turzyca zajęcza, skrzyp pstry, bliźniczka psia trawka, rdest łagodny i miodunka ćma. Z drzew stwierdzono m.in. orzech włoski we wczesnej fazie ekspansji (2017).