W spektrum hemerobii użytku przeważają gatunki hemerofilne, stanowiące 66,4% całości, w większości o niskich poziomach hemerofilii.
Użytek Strumień Junikowski chroni przede wszystkim siedliska rzadkich w skali Europy gatunków pająków torfowiskowych i innej fauny siedlisk wilgotnych i podmokłych. Na terenach glinianek wykryto ponad 200 gatunków pająków (połowę występujących w Poznaniu), w tym bardzo rzadkie, 34 gatunki mięczaków, 8 gatunków płazów i 140 gatunków ptaków. Ponadto w dolinie Strumienia Junikowskiego stwierdzono dwa czynne stanowiska bobra (2006).
Z ciekawszych zwierząt występujących w dolinie Strumienia wymienić można takie jak: zagrzebka pospolita (Bithynia tentaculata), zatoczek lśniący (Segmentina nitida), błotniarka jajowata (Radix peregra), grzebiuszka ziemna (Pelobates fuscus), ropucha szara (Bufo bufo), żaba trawna (Rana temporaria), traszka zwyczajna (Lissotriton vulgaris), kumak nizinny (Bombina bombina), gronostaj (Mustela erminea), karczownik ziemnowodny (Arvicola amphibius), perkoz dwuczuby (Podiceps cristatus), kaczka czernica (Aythya fuligula), remiz zwyczajny (Remiz pendulinus), myszołów (Buteo buteo), błotniak stawowy (Circus aeruginosus) i bardzo wiele innych. W latach 50. XX w. w rejonie Dębca obserwowano kulona (Burhinus oedicnemus), obecnie uważanego za wymarłego w Wielkopolsce.