7 października utworzył organizację konspiracyjną Zbrojne Wyzwolenie. Blisko współpracował z Organizacją Wojskową (OW) płk. rez. Witolda Orzechowskiego ps. „Longinus”. Od pocz. 1940 r. Zbrojne Wyzwolenie organizowało w skali kraju pomoc i opiekę dla Żydów, szczególnie rozwijając je na terenie Warszawy, co zostało potwierdzone 20 stycznia przez OW i Centralny Komitet Organizacji Niepodległościowych. W lutym powstała wspólna komórka OW i Zbrojnego Wyzwolenia, koordynująca akcję pomocy warszawskiemu gettu. Do akcji tej podstawowy wkład wniósł A. Petrykowski, który osobiście nadzorował różne sprawy, choćby transporty broni dla Żydów w getcie bądź żywności. Wciągnął do tej działalności oddziały Henryka Iwańskiego ps. „Bystry”, Wrzesińskiego ps. „Sowa”, czy Markowskiego ps. „Ostoja”. Zorganizował patrole, które pomagały w wyprowadzaniu Żydów z warszawskiego getta, a następnie w wyszukiwaniu melin i zabezpieczaniu ich. Nakazał rozszerzenie działalności komórek legalizacyjnych w celu ułatwienia im życia poza gettem. Zarządzał także pomocą dla ludności żydowskiej z gett w Lublinie, Lwowie i innych miastach. Nawiązał w tym celu kontakty z Delegaturą Rządu na Kraj.