W listopadzie 1943 r. współtworzył wraz ze swoją organizacją Korpus Bezpieczeństwa (KB), zostając jego komendantem głównym. Współuczestniczył w powołaniu 11 listopada Rady Obrony Narodu, stanowiącej platformę współpracy z innymi organizacjami konspiracyjnymi, zostając jej wiceprezesem i komisarzem obrony. Podporządkował taktycznie swoją organizację Komendzie Głównej Armii Krajowej. 26 lipca 1944 r. w Warszawie zawarł jednak porozumienia z komunistyczną Armią Ludową, a następnego dnia Polską Armią Ludową. Następnie z częścią KG KB wyjechał z Warszawy w Lubelskie, przeszedł linię frontu i nawiązał w Lublinie kontakt z wkraczającymi na ziemie polskie LWP i Polskim Komitetem Wyzwolenia Narodowego, podporządkowując mu KB. Nakazał wszystkim żołnierzom KB wstępować w szeregi LWP.