Położenie Bamako leży na terenach zalewowych rzeki Niger, co hamuje rozwój miasta wzdłuż brzegów rzeki i jej dopływów. Teren, na którym miasto jest usytuowane, jest stosunkowo płaski. W północnej części miasta znajduje się wzniesienie, będące pozostałością wygasłego wulkanu. To właśnie tu wzniesiony został pałac prezydencki oraz główny szpital miejski.
Pierwotnie miasto rozwijało się na lewym (północnym) brzegu rzeki i tam też znajduje się jego stare centrum. Z czasem jednak pojawiły się osiedla również na prawym (południowym) brzegu, dlatego też pojawiła się konieczność połączenia obydwu brzegów rzeki. W tym celu wzniesiono dwa mosty, łączące obie części Bamako. Pierwszy most, tzw. Most Męczenników (fr. Pont des Martyrs), ukończony został w 1957 r., jeszcze za czasów panowania francuskiego. Drugi, Most Króla Fahda, wzniesiony został za saudyjskie pieniądze w 1992 r. Istnieje także wykorzystywana sezonowo grobla, łącząca wschodnie dzielnice Sotuba i Misabugu. Grobla zwykle jest pod wodą od lipca do stycznia. W tym właśnie miejscu budowany jest trzeci most, którego zadaniem jest rozładować ruch w centrum miastaInformacja o budowie w Bamako trzeciego mostu na Nigrze .