Historia thumb|Fort w Bamako, zbudowany w 1883 r. thumb|Tzw. czerwony targ Żyzna dolina Nigru, w której leży również Bamako, to tereny, na których ślady osadnictwa ludzkiego sięgają paleolitu i obejmują przedział, liczący co najmniej od 150 tys. lat. Wskazują na to m.in. wykopaliska archeologiczne w Magnambougou (obecnie na peryferiach Bamako). Formujące się na tych terenach wczesne organizmy państwowe szybko rosły w siłę dzięki szlakom handlowym, łączącym południowe peryferie Sahary z Afryką północną. Przedmiotem handlu były wówczas złoto, kość słoniowa, orzeszki koli i sólTravel in Bamako Mali History..
W XI w. tereny południowego Mali znalazły się pod panowaniem Imperium Ghany. Intensywny rozwój przeżywało wówczas położone nieco bardziej na północ Timbuktu, stając się jednym z największych centrów handlowych i kulturalnych zachodniej Afryki. W późniejszym czasie obszar ten znalazł się pod wpływami Imperium Mali, które w XIV w. dzięki handlowi bawełną i solą przeżywało okres rozkwitu. Po upadku imperium malijskiego, tereny te zostały pod koniec XV w. podbite przez Songhaj.
Bamako zostało założone pod koniec XVI w. przez dynastię Niaré (wcześniej znaną jako Niakate), która wywodziła się z ludu Soninke. Nazwa dynastii zachowała się w jednej z najstarszych dzielnic Bamako, Niaréla.