Szaulisi z Sonderkommando SS wymordowali tu 1159 ŻydówZbrodnia ponarska w świetle dokumentów., a węzeł kolejowy był wykorzystywany przez Sowietów do formowania transportów Polaków na Syberię i Kazachstanu, nawet jeszcze na początku lat pięćdziesiątych. Ten tragiczny epizod upamiętnia znajdujący się na stacji parowóz ze składem wagonów.
W 1957 r. miasto przyłączono do Wilna.
Na początku lat dziewięćdziesiątych XX w. ośrodek odrodzenia narodowego miejscowych Polaków. W związku z tym, że Polacy są tu najliczniejszą grupą i ta wschodnia dzielnica Wilna jest położona w środku obszarów Wileńszczyzny zamieszkałych nadal w przewadze przez Polaków (60–80%) Nowa Wilejka miała zostać stolicą tworzonego w latach 1990–1991 autonomicznego Polskiego Kraju Narodowo-Terytorialnego.
Garnizon Wojska Polskiego Wojsko i pracownicy kolei dominowali zdecydowanie w lokalnej społeczności w całym okresie II Rzeczypospolitej. W latach dwudziestych i trzydziestych XX w. budynki szpitalne zostały zamienione na koszary, w których stacjonował garnizon Nowej Wilejki (zob. też Garnizon Wilno) składający się z: 13 pułku Ułanów Wileńskich, 19 pułku artylerii lekkiej 85 pułku Strzelców Wileńskich.