Głosił całkowitą wolność wyznania, tolerancję religijną i rozdział Kościoła od państwa. Był zwolennikiem dualizmu, tj. tezy o całkowitej odrębności ducha i materii (także w osobie Jezusa, który jego zdaniem stopniowo porzucał swoją naturę ludzką na rzecz natury boskiej). Te niepopularne poglądy zmusiły go w 1533 do opuszczenia miasta. Zaczął podróżować jako wędrowny kaznodzieja po Palatynacie i Szwabii, gdzie w Augsburgu założył wspólnotę zwolenników jego nauki (nigdy nie zamierzał tworzyć odrębnego Kościoła, tylko nieformalne grupy wyznawców), która przetrwała tam do XVII w. Zwolenników znajdował głównie wśród szlachty i bogatych mieszczan. Praktykowali oni przeważnie w ukryciu, w domach prywatnych.
Następnie osiadł na kilka lat w Ulm. W 1538 sformułował tzw. „doktrynę Niebiańskiego Ciała” – głosił, iż Jezus w rzeczywistości nigdy się nie urodził. Te poglądy zmusiły go do opuszczenia Ulm, znowu podjął życie wędrownego kaznodziei i założył w okolicach kolejne swoje ugrupowania. Napisał około 50 rozpraw teologicznych i ponad 200 listów do współwyznawców.