W 1550, kiedy okolice zajęły wojska katolickie, zmuszony był ukrywać się (jako brat Eliander) w klasztorze franciszkanów w Esslingen am Neckar. Jednak po wyzwoleniu przez protestantów, prześladowania wymierzone przeciwko niemu i jego zwolennikom nasiliły się. Zmuszony do ciągłych przenosin, napisał jeszcze 14 pism religijnych. Zmarł i został pochowany w tajemnicy, miejsce pochówku nie jest znane.
Charakter duchowości i teologii Schwenkfelda Ukształtowana przez niego duchowość (uchwycona głównie w Wielkim wyznaniu chwały Chrystusa z 1541), cechuje się głębokim mistycyzmem, zawiera elementy pietyzmu, co daje podstawę do stwierdzenia, że Schwenkfeld był jednym z jego z prekursorów.
Doktrynę cechują wpływy anabaptyzmu oraz starożytnego monofizytyzmu. Na podstawie doktryny „niebiańskiego ciała” można także posądzić Schwenkfelda o doketyzm. Cechą charakterystyczną jest też odrzucanie chrztu dzieci, zewnętrznych form kultu i podziałów między chrześcijanami. Współwyznawcom Schwenkfeld zabraniał udziału w wojnie i noszenia broni, a także składania przysięgi. Odrzucał pojęcie „religii państwowej”. Jego poglądy wywarły znaczny wpływ na rozwój purytanizmu i pietyzmu.