W 1993 samochód został poddany lekkiej modernizacji obejmującej układ wydechowy i uzyskiwał moc 320 KM (wersja europejska) lub 312 KM (wersja amerykańska), a nazwa modelu została zmieniona na 348GTB, 348GTS i 348SS.
Ferrari wyprodukowało jeszcze wersje wyścigową pod nazwą 348 Competizione, która osiągała moc od 360KM do 500KM. Niektóre z nich zostały dopuszczone do ruchu ulicznego. Wersja ta została stworzona przez warsztat Michelotto. 348 GTC posiada wykonane z włókna węglowego przednie i tylne zderzaki oraz drzwi.
W ciągu trwającej 6 lat produkcji wyprodukowano 8844 egzemplarzy modelu 348 jako najmniejszego i najtańszego w ówczesnej ofercie Ferrari. Wersje TS i TB produkowane były w latach 1989–1993, GTS i GTB 1993–1994, Spyder zaś 1993–1995.
348 TB Zagato Elaborazione W 1991 roku podczas marcowych targów motoryzacyjnych Geneva Motor Show włoskie studio projektowe Zagato przedstawiło kolejny wynik wieloletniej współpracy z Ferrari, tym razem w celu opracowania na bazie 348 GT unikatowej wersji specjalnej zbudowanej w limitowanej puli 10 sztuk. Model 348 TB Zagato Elaborazione zyskał autorski projekt stylistyczny, z charakterystycznym zderzakiem przednim pozbawionym atrapy chłodnicy i wzbogaconym czterema okrągłymi lampami.