Po zakończeniu sezonu nie zdołał porozumieć się ze swoimi pracodawcami w sprawie nowej umowy.
2 czerwca 2009 doszedł do porozumienia z władzami hiszpańskiego Villarrealu, skąd kilka dni wcześniej do Realu Madryt odszedł Manuel Pellegrini. W 2010 ponownie został trenerem Olympiakosu, a następnie Valencii. 20 czerwca 2013 roku został ogłoszony trenerem Athletic Club, a po sezonie 2016/17 odszedł z Athleticu Bilbao do FC Barcelony. 13 stycznia 2020 został zwolniony z funkcji trenera Barcelony.
Statystyki trenerskie Aktualne na 6 kwietnia 2024. Zespół Od Do Statystyka Bilbao Athletic30 czerwca 200230 czerwca 2003Athletic Bilbao30 czerwca 200321 czerwca 2005Espanyol26 maja 200628 maja 2008Olympiakos28 maja 20088 maja 2009Villarreal CF2 czerwca 200931 stycznia 2010Olympiakos7 sierpnia 201031 maja 2012Valencia CF3 grudnia 20122 czerwca 2013Athletic Bilbao20 czerwca 201323 maja 2017FC Barcelona29 maja 201713 stycznia 2020Athletic Bilbao30 czerwca 2022Obecnie Łącznie
Sukcesy Piłkarz FC Barcelona: Puchar Króla: 1989/1990 Puchar Zdobywców Pucharów: 1988/1989
Trener Olympiakos SFP: Mistrzostwo Grecji: 2008/2009, 2010/2011, 2011/2012 Puchar Grecji (2x): 2008/2009, 2011/2012
Athletic Bilbao: Puchar Króla: 2023/2024 Superpuchar Hiszpanii: 2015