W 1942 dekanat Prudnik przyporządkowany był komisariatowi nyskiemu. Podczas II wojny światowej w dekanacie Prudnik zniszczono lub uszkodzono 6 kościołów, 1 klasztor, 1 budynek plebanijny i ośrodek penitencjarny dla duchownych na Kaplicznej Górze w Prudniku. Całkowitemu zniszczeniu uległ kościół Podwyższenia Świętego Krzyża w Moszczance z plebanią, wysadzony w powietrze przed nadejściem frontu. Mocno poszkodowane były: kościół św. Anny w Niemysłowicach, kościół Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Trzebinie i klasztor franciszkanów w Prudniku-Lesie. Mniejsze szkody odnotowano w kościołach parafialnych: św. Michała Archanioła w Prudniku, Trójcy Świętej w Rudziczce oraz św. Michała Archanioła w Szybowicach.
W latach 1945–1946 dekanat Prudnik tworzyło 9 parafii: Dytmarów, Kolnowice, Lubrza, Moszczanka, Niemysłowice, Prudnik, Rudziczka, Szybowice, Trzebina. W połowie 1944 wszystkie parafie dekanatu liczyły łącznie 27950 wiernych, natomiast z początkiem grudnia 1945 – 21986 osób, w tym 13600 nowo przybyłej po wojnie ludności. Pod koniec 1946 dekanat liczył 21278 wiernych.