Na terenie dekanatu aktywne były zakony męskie: franciszkanie w Prudniku-Lesie, bonifratrzy i dominikanie w Prudniku, misjonarze Świętej Rodziny w Rudziczce, saletyni w Lubrzy oraz Trzebinie, a także żeńskie zgromadzenia zakonne: elżbietanki w Prudniku, Dytmarowie, Moszczance, Lubrzy, Rudziczce, Szybowicach oraz Trzebinie, felicjanki i salwatorianki w Łące Prudnickiej, służebniczki śląskie w Kolnowicach, siostry Najświętszego Serca Pana Jezusa w Prudniku, urszulanki w Niemysłowicach.
Z dniem 1 stycznia 1973 dekretem bpa Franciszka Jopa do dekanatu Prudnik przyłączono parafię św. Mikołaja w Wierzbięcicach (wyłączona z dekanatu Nysa) i parafię św. Nikazego Biskupa Męczennika i Chrystusa Króla w Węży (wyłączona z dekanatu Skoroszyce). 1 września 1990 bp. Alfons Nossol przyłączył parafie Wierzbięcice i Węża do dekanatu Nysa. Z dekanatu Prudnik wyłączono również parafię św. Jana Nepomucena w Kolnowicach, przyłączając ją do dekanatu Biała.