Postulował znaczne rozszerzenie autonomii dla klasztorów, widząc w niej środek do podniesienia ich poziomu duchowego i intelektualnego. Wyciszał burzliwe nastroje związane z trwogą przed końcem świata, które pojawiły się w roku 1000. Brał udział w wielu synodach, m.in. na synodzie w Reims, gdzie arcybiskup Reims Arnulf został za sprzeniewierzenie się królowi usunięty z diecezji na korzyść Gerberta z Aurillac.
Trzykrotnie jeździł do Rzymu, co miało związek z jego dążeniem do zwiększenia niezależności klasztorów od biskupów, i powstałym na tym tle konfliktem z biskupami Orleanu. Ostatecznie w 977 uzyskał od papieża Grzegorza V bullę, która pozwoliła znacznie poszerzyć klasztorną autonomię. Na jej mocy opactwo Fleury jako pierwsze w historii uzyskało przywilej egzempcji. Reformy św. Abbona włączyły się w nurt odnowy kluniackiej i uczyniły z opactwa Fleury ośrodek odnowy duchowej. W 996 Król Francji Robert II Pobożny wysłał go do Rzymu, by podjął starania o wstrzymanie interdyktu, który papież chiał nałożyć na króla za małżeństwo z Bertą. W drodze do Rzymu spotkał papieża Grzegorza V, którego wygnał z miasta antypapież Jan XVI. Między papieżem a św. Abbonem zawiązało się przywiązanie i osobiste porozumienie, na skutek którego prośba króla Roberta o dyspensę została odrzucona. Św.