Epilog Ocalałych osadzono w więzieniu w Padangu. Panowały w nim bardzo ciężkie warunki bytowe i sanitarne. W krótkim czasie z powodu ran, dyzenterii i wyczerpania zmarło od 30 do 42 rozbitków. Wieczorem 22 września z więzienia odszedł pierwszy transport na place budowy kolei z Pekanbaru. Tylko 96 jeńców doczekało wyzwolenia. Spośród około 200 Rōmusha, którzy przeżyli zatopienie „Jun’yō Maru”, prawdopodobnie wszyscy zginęli przy budowie kolei.
22 września, a więc cztery dni po zatopieniu „Jun’yō Maru”, aliancki wywiad radiowy przechwycił japońską wiadomość, w której znalazło się stwierdzenie „w przyszłości nie przewidujemy podejmowania prób ratowania tego typu personelu”.
Dowódca HMS „Tradewind”, kmdr por. Stephen L. C. Maydon, dopiero w 1965 roku dowiedział się, że jego jednostka zatopiła statek, na którym zginęło ponad 5,6 tys. jeńców wojennych i robotników przymusowych.
„Jun’yō Maru” jest zaliczany do grona japońskich „piekielnych statków” (ang. Hellships). Pod względem liczby ofiar jego zatopienie było największą katastrofą pojedynczej jednostki w trakcie wojny na Pacyfiku. Była to zarazem jedna z największych katastrof w historii żeglugi.