Henk Hovinga podaje, że zatopienie „Jun’yō Maru” przeżyło 674 jeńców wojennych oraz około 200 Rōmusha. Wraz ze statkiem miało natomiast zatonąć co najmniej 5620 osób, w tym 1626 jeńców oraz około 4 tys. robotników przymusowych. Bob Hackett i Erich Muehlthaler również szacują liczbę ofiar na 5620, przy czym w gronie tym znaleźć się miało 1449 jeńców wojennych i 4171 Rōmusha. Liczbę ocalałych szacują natomiast na 880 – w tym 680 jeńców i 200 robotników przymusowych. Taką samą liczbę ocalałych podają Gregory F. Michno i Van Waterford. Ich zdaniem zatopienie „Jun’yō Maru” spowodowało jednak śmierć 5640 osób, w tym 1520 europejskich i indonezyjskich jeńców oraz 4120 Rōmusha.
Gavan Daws podaje, że wśród zabitych jeńców znalazło się 1377 Holendrów i Indonezyjczyków, 64 Brytyjczyków i Australijczyków oraz „garstka” Amerykanów. Hackett i Muehlthaler podają natomiast, że zginęło 1382 Holendrów i Indonezyjczyków, 56 Brytyjczyków, ośmiu Amerykanów i trzech Australijczyków.