21 kwietnia 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu generała porucznika, w grupie oficerów byłych Legionów Polskich.
22 września 1920 został mianowany z dniem 1 października 1920 dowódcą Okręgu Generalnego „Pomorze” w Toruniu, a po reorganizacji struktur dowodzenia dowódcą Okręgu Korpusu Nr VIII w Toruniu. Józef Piłsudski dekretem z 22 września 1922 przeniósł go na własną prośbę z dniem 1 stycznia 1923 w stan spoczynku z prawem noszenia munduru i w uznaniu zasług nadał mu stopień generała broni. Zmarł w 11 kwietnia 1925 w Krakowie. 14 kwietnia tego roku pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie, kwatera 67.
Zygmunt Zieliński był żonaty z Józefą (ur. 29 grudnia 1870 w Tarnowie, zm. 1 marca 1958 w Krakowie), córką Władysława Ludwika Józefa Kalasantego Onitsch (ur. 25 sierpnia 1837 w Tarnowie, zm. 25 lipca 1900 w Tarnowie) i Walerii Antoniny Katarzyny Jaxa-Rożen (ur. 5 kwietnia 1839 w m. Brzeziny-Tropie, zm. 30 stycznia 1919 w Krakowie). Waleria była jedną z trzech córek Bolesława Augusta Hilarego Jaxa-Rożna.
Zygmunt i Józefa mieli troje dzieci: Józefa (ur. 24 stycznia 1898, zm. 15 września 1898) i Jana (ur.