Agencja Wywiadu rozpoczęła działalność 29 czerwca 2002 r. W ten sposób wywiad stał się samodzielną instytucją administracji RP podlegającą Prezesowi Rady Ministrów. Zgodnie z Ustawą z 2002 r. Szef AW (podobnie jak i Szef ABW) stawał się centralnym organem administracji rządowej w randze sekretarza stanu. Zdecydowano, że stanowisko Szefa AW będzie powierzane cywilnym politykom, niewywodzącym się ze służb mundurowych. Według projektodawców taka zmiana miała skutkować wzmocnieniem nadzoru nad agencją, ponieważ Szef miał być osobą z zewnątrz. Pojawiło się jednak wiele głosów sprzeciwu wobec takiego rozwiązania. Krytycy stwierdzali, że brak wystarczającej wiedzy Szefa AW na temat funkcjonowania agencji, będzie skutkował de facto przejęciem jego obowiązków przez zastępcę szefa. Obawiano się także, że takie rozwiązanie naruszało zasadę apolityczności służb specjalnych.