Już przed wejściem w życie Ustawy z 2002 r. i powołaniem dwóch odrębnych agencji, stanowisko Szefa UOP stało się przedmiotem sporu konstytucyjnego. Funkcję tę powierzono bowiem Zbigniewowi Siemiątkowskiemu, który był zarówno posłem, jak i sekretarzem stanu. Spór dotyczył kwestii łączenia mandatu posła z innym zatrudnieniem w administracji rządowej. Zgodnie z art. 103 ust.1 Konstytucji RP jest to zakazane. Z drugiej strony w tym samym miejscu w Konstytucji RP pojawia się jednak wyjątek od tej reguły mówiący o tym, że w parlamencie mogą zasiadać członkowie Rady Ministrów i sekretarze stanu w administracji rządowej. W sprawie tej głos zabrał Trybunał Konstytucyjny, który w 2004 r. (już po reformie z 2002 r.) orzekł, że nadawanie Szefom ABW i AW rangi sekretarzy stanu jest niezgodne z konstytucją, ponieważ stanowi obejście zakazu łączenia mandatu parlamentarnego z zatrudnieniem w administracji rządowej. Zgodnie z wyrokiem TK jedynym skutkiem prawnym nadania rangi sekretarza stanu jest możliwość łączenia funkcji szefa agencji z mandatem parlamentarnymWyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 20 kwietnia 2004 r. (K 45/02)..