W Sejmie Rzeczypospolitej Polskiej I kadencji był członkiem klubu Związku Ludowo-Narodowego. Od 1924 wchodził też w skład Rady Naczelnej ZLN. Publikował w Gazecie Warszawskiej i Warszawskim Dzienniku Narodowym. Był spowiednikiem Romana DmowskiegoW.J. Muszyński, Marceli Nowakowski, [w:] Lista strat działaczy obozu narodowego w latach 1939-1955, red. W.J. Muszyński, J. Mysiakowska-Muszyńska, t. 1, Instytut Pamięci Narodowej, Warszawa 2010, s. 236..
W 1926 r. ks. Marceli Nowakowski objął probostwo parafii Najświętszego Zbawiciela w Warszawie i otrzymał tytuł prałata domowego Jego Świątobliwości ks. prymasa. Podczas urzędowania ks. Nowakowskiego w kościele Najświętszego Zbawiciela ukończono budowę głównego ołtarza, powstał ołtarz św. Teresy i nowa ambona. Proboszcz zakupił także działkę pod budowę Domu Katolickiego, gdzie swoje pomieszczenie miał między innymi Katolicki Związek Caritas.