Po wybuchu II wojny światowej ks. proboszcz zorganizował i uczestniczył w akcji gaszenia bombardowanej świątyni. Aresztowany przez władze okupacyjne Warszawy 4 października wraz z wikariuszem – ks. Bronisławem Wróblewskim, zwolniony, został aresztowany po raz kolejny 8 grudnia 1939 r., ponownie z ks. Bronisławem Wróblewskim oraz kościelnym Szczepanem Wójcikiem. Ks. Nowakowskiemu postanowiono zarzut umożliwienia ucieczki z okupowanego kraju żonie gen. Władysława Sikorskiego – Helenie – oraz odpowiedzialności za ulotki antyniemieckie rozrzucone w kościele Najświętszego Zbawiciela. Duchowny nie przyznał się do zarzutów, w związku z czym został skazany 16 stycznia 1940 r. na karę śmierci. Według relacji świadków skazany dokonał sądu nad sędziami oraz całym narodem niemieckim, wróżąc mu przegraną w wojnie. 22 stycznia 1940 r. Marceli Nowakowski został rozstrzelany w Palmirach, a jego ciała nigdy nie odnaleziono.
Według innej wersji został przez Niemców rozstrzelany 18 lutego 1940 w Ogrodzie Sejmowym i tamże pochowany.
Symboliczny grób duchownego znajduje się na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 212-1-7).