Andy wyrusza w pościg własnoręcznie zbudowanym statkiem kosmicznym w kierunku obcego świata zwanego Krainą Ciemności (ang. Darkland). Po zderzeniu ze skrzydlatą istotą statek rozbija się, a chłopiec musi kontynuować podróż pieszo, przemierzając wrogie środowiska – kanion, bagno, podwodną jaskinię i rzekę lawy. Po drodze sprzymierza się z pokojową rasą istot zwanych Amigos oraz zdobywa moc magicznego kamienia (meteorytu), pozwalającą niszczyć żywe cienie i błyskawicznie hodować z nasion drzewa.
Głównym antagonistą jest czarnoksiężnik zwany Mistrzem Ciemności (ang. Master of Darkness), z wyglądu przypominający nauczyciela Andy’ego i polujący na chłopca, a nie na jego psa. Drugą kluczową postacią jest Podstępny Sługa (ang. Vicious Servant) – śliskie, różowe stworzenie gotowe zdradzić swojego pana dla własnej korzyści. Finałowa konfrontacja rozgrywa się w czarnej dziurze nazywanej „sercem ciemności”, gdzie Andy staje twarzą w twarz z Mistrzem i własnym lękiem.