Po zwycięstwie chłopiec budzi się w swoim domku na drzewie, co sugeruje, że cała przygoda była snem – interpretację tę podważa jednak końcowa scena, w której istoty Amigos sprzątają szczątki statku kosmicznego Andy’ego.
Rozgrywka Heart of Darkness kontynuuje formułę „cinematic platformera” zapoczątkowaną przez Another World i rozwiniętą we Flashbacku: ekran zmienia się kadr po kadrze zamiast płynnie przewijać się wraz z ruchem postaci, gra nie ma paska życia, a każda plansza stanowi osobną, precyzyjnie zaprojektowaną łamigłówkę zręcznościowo-logiczną. Gracz porusza Andym, wykorzystując bieganie, skoki (w tym podwójne salta), wspinaczkę i pływanie. Śmierć – często drastyczna, obejmująca m.in. pożarcie przez potwory, utonięcie czy zmiażdżenie głazem – nie kończy rozgrywki: bohater wraca do ostatniego zapisanego punktu kontrolnego, a liczba prób jest nieograniczona.
Na starcie gry Andy dysponuje działkiem plazmowym rażącym cienie błyskawicami, jednak broń zostaje mu odebrana już pod koniec pierwszego etapu (połknięta przez potwora). Główną mechaniką ofensywną staje się moc magicznego kamienia, która – oprócz niszczenia cieni – pozwala błyskawicznie hodować i niszczyć drzewa wyrosłe z nasion;