W tradycji uważa się, że bydgoski kościół farny wzniesiono jako drewniany. Świątynia istniała już prawdopodobnie już w 1364 r., przed erygowaniem pierwszego bydgoskiego konwentu zakonnego karmelitów (1398). Pierwsza wzmianka o księdzu (rektorze) przy świątyni pochodzi z 22 lipca 1402 r., wzmianka o kościele z 1408 r., a tytułem świątyni parafialnej została opatrzona w dokumencie z 1417 r. Razem z kościołem powstała szkoła parafialna.
Jeszcze przed pożarem, jaki strawił budowlę w 1425 r. świątynia musiała być murowana, gdyż w północnej ścianie nawy obecnego kościoła można rozpoznać ślady okien i portalu pierwotnej świątyni. Dodatkowo w styczniu tego roku odbył się w niej synod duchowieństwa diecezji włocławskiej; te zaś sytuowano wyłącznie w reprezentacyjnych kościołach murowanych. Wysokość pierwotnej świątyni dochodziła do fryzu na obecnych ścianach kościoła, co można stwierdzić naocznie na zachowanej ścianie północnej. Miała ona prawdopodobnie drewnianą więźbę dachową, która uległa zniszczeniu. Spłonęły również przechowywane w niej dokumenty miejskie podczas wielkiego pożaru miasta, którego sprawcą według kroniki Łochowskiego był mieszczanin nazwiskiem Witakowski.