Budowa świątyni gotyckiej (1425–1466) thumb|left|Szczyt zachodni Odbudowa świątyni rozpoczęta w 1425 r. wiązała się z powiększeniem jej powierzchni i budową dwóch naw bocznych. Budowniczowie uwzględnili w planie nowej budowli zachowanie północnej murowanej ściany, pozostawionej w spadku po poprzedniej świątyni. W związku z tym, cechą szczególną kościoła jest to, że prezbiterium jest szersze od nawy głównej o prawie 2 metry, a także występuje odchylenie jego osi względem osi korpusu nawowego. Zwichnięcie to zostało wymuszone chęcią zachowania jednakowej szerokości obu naw bocznych (wynosi ona około 6 m).
Wzorem innych średniowiecznych budów, rozbiórka spalonego, aczkolwiek prowizorycznie zabezpieczonego kościoła, odbywała się etapami w miarę wykańczania poszczególnych części nowego budynku. Pierwszą wykończoną częścią świątyni było prezbiterium, stosunkowo duże i szerokie (wymiary wewnętrzne: około 17 × 9 m), co pozwoliło zachować ciągłość odprawiania obrzędów liturgicznych. Do czasu zakończenia prac przy wznoszeniu nowego korpusu nawowego, mogło ono pełnić funkcję całego kościoła, służąc nie tylko jako miejsce ołtarzowe, ale i pomieszczenie dla wiernych. Z dokumentu erekcyjnego szpitala Świętego Ducha na przedmieściu Gdańskim wiadomo, że już w 1449 r.