Wiosną następnego roku wojska rządu Meiji najechały Hokkaido i pokonały siły Enomoto w bitwie morskiej w zatoce Hakodate (4-10 maja 1869 r.). 18 maja Republika Ezo została zniszczona i Hokkaido znalazło się pod jurysdykcją rządu cesarskiego.
Późna kariera polityczna thumb|240px|Takeaki Enomoto w podeszłym wieku Po likwidacji Republiki Ezo Enomoto został aresztowany, oskarżony o zdradę stanu i uwięziony, jednak już w 1872 roku przywódcy rządu Meiji (głównie pod naciskiem Kiyotaki Kurody), zdając sobie sprawę z szerokiej wiedzy i talentów Enomoto, uwolnili go od wszystkich zarzutów. Enomoto był jednym z nielicznych lojalistów bakufu, którym udało się znaleźć swoje miejsce pośród elit rządzących po przewrocie. Najwyższe stanowiska były wówczas okupowane przez polityków wywodzących się z hanów: Satsuma i Chōshū, którzy bardzo niechętnie widzieli wokół siebie przybyszów z „zewnątrz”, a zwłaszcza byłych stronników Tokugawów. Enomoto był wyjątkiem – zrobił szybką karierę w nowych władzach i osiągnął pozycję niedostępną byłym stronnikom bakufu.