W 1874 roku Enomoto został mianowany wiceadmirałem raczkującej Japońskiej Cesarskiej Marynarki Wojennej, a rok później wysłano go do Rosji w celu negocjacji warunków Traktatu petersburskiego z 1875 roku (樺太・千島交換条約, Karafuto-Chishima-kōkan-jōyaku), na mocy którego Japonia zrzekła się praw do Sachalinu w zamian za Wyspy Kurylskie. Powodzenie negocjacji zostało dobrze przyjęte w Japonii, przyczyniając się do umocnienia pozycji Enomoto. Już sam fakt oddelegowania go do tak ważnej misji stanowił dowód pogodzenia się nowych elit z niektórymi przedstawicielami starego systemu.

W 1880 roku Enomoto został mianowany ministrem marynarki. W 1885 roku ponownie pojawiło się zapotrzebowanie na jego zdolności dyplomatyczne, kiedy poproszono go o udział u boku Hirobumiego Itō w finalizacji negocjacji traktatu z Tianjinu z Chinami dynastii Qing, regulującego stosunek obu państw do Korei. Po tym epizodzie Enomoto piastował jeszcze kilka wysokich stanowisk państwowych.