Po wprowadzeniu systemu gabinetowego w 1885 roku został pierwszym w historii Japonii ministrem komunikacji (1885–1888), później ministrem rolnictwa i handlu (1888 i w latach 1894–1897), edukacji (1889–1890) i spraw zagranicznych (1891–1892).
W 1887 roku Enomoto otrzymał nominację szlachecką – w ramach systemu kazoku (華族)Klasa arystokracji okresu 1869–1947, która zastąpiła system feudalnych panów. Powstała w ramach zachodnich reform restauracji Meiji, połączona w jedną grupę i pozbawiona przywilejów terytorialnych. Została zorganizowana w stylu europejskim z rangami: księcia, markiza, hrabiego, wicehrabiego i barona. Po 1889 roku klasa ta tworzyła izbę wyższą japońskiego parlamentu. Została zlikwidowana na mocy konstytucji z 1947 roku. przyznano mu rangę wicehrabiego (shishaku). Wybrano go również na członka Tajnej Rady (Sūmitsu-in)Doradcze ciało cesarza utworzone na wzór brytyjskiej Privy Council. Istniało w latach 1888–1947.
Enomoto był szczególnie aktywny w promowaniu japońskiej emigracji w rejonie Pacyfiku oraz Ameryce Południowej. W 1891 roku utworzył – wbrew woli gabinetu Masayoshiego Matsukaty – sekcję emigracyjną w Ministerstwie Spraw Zagranicznych.