Według zapisu z 1516 wieś była całkowicie opuszczona od około 20 lat. Znajdowało się w niej 6 łanów roli oraz liczne łąki, które wraz z rolami wykorzystywali ludzie ze Szczepankowa, płacąc z nich pewną dziesięcinę. Wyrażono wówczas obawę, że grunty te zagrabią sąsiedzi. W 1531 opuszczona wieś Chartowo graniczyła, jak zeznali poddani z Garaszewa, z Kobylim Polem, Spławiem, Szczepankowem, Zegrzem i św. Janem. Wieś miała 6 kmieci gospodarujących na 6,5 łana i było w niej sołectwo, ale nie odnotowano na ilu łanach. We wsi znajdował się także folwark oraz łąki. Z powodu niezasiedlenia i słabej opieki wieś była spustoszona przez sąsiednią szlachtę. Według zapisu zeznano też, że obecnie Chartowo dzierżył Wincenty Spławski, choć nie wiadomo z jakiego tytułu.
W 1560 tenutariusz wsi Chartowo Siekierzecki pozwał dziedzica wsi Szczepankowo w sprawie o rozgraniczenie. W 1561 dożywotni posiadacze wsi Chartowo zobowiązani zostali do rozgraniczenia tej wsi, położonej pomiędzy wsiami Kobyle Pole, Szczepankowo, Zegrze i św. Jan.