W następnych dziesięcioleciach, które charakteryzowały się dużym naciskiem kontrreformacji, nierzadko utrudniano w Głogowie ewangelikom dostęp do ich kościoła. Starosta von Knigge w 1669 nakazał w niedziele zamykać Bramę Brzostowską. Po trzech kwartałach ewangelicy wykupili przejście przez małą furtę (ponieważ musieli przez nią przechodzić pojedynczo, notorycznie spóźniali się do kościoła). W maju 1710 obok kościoła stanęła wieża – dzwonnica, wciągnięto na nią trzy duże dzwony. Powiększona została również sama świątynia.
Kościół Pokoju spłonął w 1758, podczas ostatniego wielkiego pożaru miasta. W następnym dziesięcioleciu protestanci wybudowali, z finansowym wsparciem króla Fryderyka II, obszerny, dwuwieżowy kościół w obrębie miasta. Zgodnie z tradycją nadano mu nazwę Schifflein Christi. Miejsce po Bożej Strzesze i pozostałych zabudowaniach zajął powiększony cmentarz, z wybudowaną na nim drewnianą kaplicą (od lat 20. XIX wieku była to kaplica murowana). Funkcjonował on do końca II wojny światowej jako stary cmentarz.