Powyższe trzy wsie mogły być przynajmniej częściowo osiedlone przez osadników niemieckich, lecz jedynie w Wilkowicach według szesnastowiecznych wizytacji biskupich mieszkańcy wciąż nie wszyscy mieszkańcy posługiwali się językiem polskim, pozostałe wsie były już wówczas w pełni polskojęzyczne, jednak jeszcze przed rozbiorami Polski Wilkowice także były już w pełni polskie pod względem ludności Po unii lubelskiej, latach 1569–1772, miejscowość była częścią województwa krakowskiego i stanowiła część prowincji małopolskiej.
Dalsza historia Wilkowic to przerzucanie wsi z rąk do rąk, o czym świadczy litania nazwisk szlacheckich rodów, które były właścicielami Wilkowic: Komorowscy, Zbarascy, Wiśniowieccy, Warszyccy, Wielkopolscy, a po rozbiorach Polski Habsburgowie. Wilkowice przez lata wiele też wycierpiały. W czasie potopu szwedzkiego na granicy między Wilkowicami a Mikuszowicami Krakowskimi, nad potokiem Skleniec, 8 marca 1656 r. doszło do bitwy między oddziałem szwedzkim pod dowództwem hrabiego Wrzesowicza a broniącymi tzw. „mikuszowskich szańców” mieszkańcami żywiecczyzny. Po rozgromieniu żywczan Szwedzi spalili zarówno Wilkowice, jak i sąsiednie Mikuszowice.