W wyniku I rozbioru Polski w 1772 miejscowość znalazła się w zaborze austriackim jako część Królestwa Galicji i Lodomerii (Galicji). Początkowo, w latach 1775–1782 należała do dystryktu Zator w obrębie cyrkułu wielickiego, następnie w latach 1782–1819 do cyrkułu myślenickiego, a później do cyrkułu wadowickiego. Około 1850 roku na życzenie Leonarda Wilskiego w Wilkowicach został wybudowany neoklasycystyczny dwórhttps://www.dworwilkowice.pl/history-pol.. W 1867 roku, po kolejnej reformie administracyjnej Galicji i zniesieniu cyrkułów, Wilkowice zostały włączone w skład powiatu bialskiego. W 1886 roku w Wilkowicach powstał przystanek kolei Wilkowice-Bystra.
Według austriackiego spisu ludności z 1900, w 278 budynkach w Wilkowicach (gmina i „Gutsgebiete”, bez obecnego przysiółka Huciska) na obszarze 1394 hektarów mieszkało 2429 osób (gęstość zaludnienia 174,2 os./km²), z czego 2406 (99,1%) było katolikami, 21 (0,9%) wyznawcami judaizmu, 2417 (99,5%) było polsko- a 9 niemieckojęzycznymi.
Po I wojnie światowej Wilkowice znalazły się w granicach II Rzeczypospolitej, w województwie krakowskim, w powiecie bialskim. W 1929 do Wilkowic przyłączono dotąd niezależną wieś Huciska.