W 1934 utworzono gminę Bystra-Wilkowice.

We wrześniu 1939 roku Wilkowice dostały się pod okupację niemiecką, a następnie zostały bezpośrednio przyłączone do Rzeszy Niemieckiej. W czasach okupacji hitlerowskiej wielu mieszkańców zostało przesiedlonych na Zamojszczyznę i Lubelszczyznę. W 1941 roku mieszkańcom Wilkowic groziło wysiedlenie przez administrację okupacyjną, innych zaś prześladowano, mordowano bądź wywożono na roboty do Rzeszy. Wtedy ówczesny proboszcz parafii św. Michała Archanioła w Wilkowicach ks. kan. Zbigniew Przeworski zawierzył parafię Najświętszemu Sercu Pana Jezusa, a do wysiedlenia nie doszło. Od tamtej pory co roku obchodzony jest w Wilkowicach drugi odpust ku czci Najświętszego Serca Pana Jezusa.

5 sierpnia 1944 roku oddział partyzantów Armii Ludowej z grupy Józefa Habdasa ps. „Kwaśny”, w sile siedmiu ludzi zatrzymał się w miejscowości na nocleg. Wskutek zdrady konfidenta, dom został otoczony przez hitlerowców. Doszło do walki. Po skończeniu się amunicji partyzanci pod osłoną nocy próbowali się przebić przez kordon niemiecki. Próba nie powiodła się. Tylko jeden partyzant zbiegł żywyJózef Bolesław Garas „Oddziały Gwardii Ludowej i Armii Ludowej 1942 – 1945” Wydawnictwo MON 1971 str.