Również w systemach rezygnujących z klasycznego rangowania taksonomicznego grupa odpowiadająca pierwotniakom nie jest wyróżniana, a ich przedstawiciele są łączeni w supergrupy, tj. klady obejmujące również organizmy inne niż protisty. Organizmy tradycyjnie zaliczane do pierwotniaków tworzą supergrupy: Excavata (wiciowce), Chromalveolata (wiciowce, orzęski), Opisthokonta (wiciowce kołnierzykowe, mikrosporydia), Rhizaria (ameby), Amoebozoa (ameby).
W systemie Ruggiero i innych z 2015 Protozoa dzielone są następująco: królestwo: Protozoa podkrólestwo: Eozoa infrakrólestwo: Euglenozoa typ: Euglenozoa infrakrólestwo: Excavata typ: Loukozoa typ: Metamonada typ: Percolozoa (np. akrazje) podkrólestwo: Sarcomastigota typ: Amoebozoa (w tym śluzowce) typ: Choanozoa (wiciowce kołnierzykowe) typ: Microsporidia typ: Sulcozoa