Systemy historyczne Do pierwotniaków (Protozoa) w różnych systemach zaliczano różne grupy organizmów. Termin Protozoa wprowadził Georg Goldfuss w roku 1820 jako nazwę dla gromady zwierząt obejmujących następujące grupy: Infusoria (wymoczki, czyli orzęski), Lithozoa (koralowce), Phytozoa (zwierzokrzewy) i Medusinae (meduzy, czyli krążkopławy). Następnie kolejni przyrodnicy przedefiniowując ten takson włączali lub wyłączali z niego kolejne grupy organizmów, np. gąbki, korzenionóżki, desmidie, okrzemki, gregaryny. Formalne znaczenie Protozoa nadał w 1845 Karl Theodor Ernst von Siebold. W jego ujęciu do pierwotniaków zaliczano już tylko organizmy jednokomórkowe. W połowie XIX w. pojawiły się koncepcje systematyczne, w których wyodrębniano trzecie królestwo (Protista, Protoctista) i rezygnowano z łączenia pierwotniaków ze zwierzętami. Pod koniec XIX w. zaś ponownie popularność zyskało ujęcie pierwotniaków jako grupy zwierząt i utrwalony wówczas skład tego taksonu (oraz rozdzielenie „zwierzęcych” pierwotniaków od „roślinnych” mikroglonów) był akceptowany przez naukę przez następne kilkadziesiąt lat.