Na przełomie XX i XXI w. w jednym z uproszczonych systemów nawiązujących do podziału tradycyjnego zostały poklasyfikowane w następujący sposób: podkrólestwo: Protozoa (pierwotniaki, protisty zwierzęce) typ: Microsporidia typ: Pelobiontidida typ: Diplomonadida typ: Zooflagellata (wiciowce zwierzęce) typ: Rhizaria (korzenionóżki) typ: Actinopoda (promienionóżki) typ: Apicomplexa (sporowce) typ: Myxozoa typ: Ciliata (orzęski).
W systemie Cavaliera-Smitha odnowione królestwo Protozoa było dzielone na kilka sposobów, według jednego z nich – z roku 2004 – podział ten przedstawia się następująco:
królestwo: Protozoa podkrólestwo: Sarcomastigota typ: Amoebozoa (w tym śluzowce) typ: Choanozoa (wiciowce kołnierzykowe) podkrólestwo: Biciliata infrakrólestwo: Rhizaria typ: Cercozoa (np. chlorarachniofity) typ: Foraminifera (otwornice) typ: Radiozoa (promienice) infrakrólestwo Excavata typ: Loukozoa typ: Percolozoa (np. akrazje) typ: Euglenozoa typ: Metamonada (np. Parabasalia, Anaeromonadea) infrakrólestwo Alveolata typ: Myzozoa typ: Ciliophora (orzęski) taksony Biciliata incertae sedis typ: Apusozoa typ: Heliozoa (słonecznice)