W systemie Goldfussa Protozoa były gromadą zwierząt obejmującą gatunki oprócz współcześnie zaliczanych do pierwotniaków głównie współcześnie zaliczane do zwierząt i roślin:
gromada: Protozoa rząd: Infusoria (wymoczki) rodzina: Monades (m.in. Volvox, Gonium, Paramecium, cerkaria) rodzina: Vorticellae (m.in. Stentor, Vorticella) rodzina: Rotatoria (wrotki) rodzina: Polypi (m.in. Hydra) rząd: Phytozoa (zwierzokrzewy) rodzina: Spongita (gąbki) rodzina: Ceratophyta (m.in. Gorgonia) rodzina: Tubulariae (m.in. Sertularia, mszywioły) rodzina: Pennatulae (m.in. Pennatula) rząd: Lithozoa (koralowce itp.) rodzina: Porinae (m.in. korale madreporowe) rodzina: Isides (m.in. koral szlachetny) rodzina: Corallineae (m.in. glony Corallina, Acetabularia) rodzina: Encrini (m.in. Encrinus) rząd: Medusinae rodzina Aequoreae (m.in. krążkopławy, w tym efyra) rodzina Beroes (żebropławy) rodzina Physsophorae (rurkopławy) rodzina Porpitae
Tradycyjnie pierwotniaki, rozumiane jako jednokomórkowe bezkręgowce, dzielone były głównie na podstawie kryteriów morfologicznych na następujące grupy:
wiciowce (Flagellates) korzenionóżki promienionóżki sporowce orzęski (Ciliates)