ulnae from the Early Cretaceous of Australia. Records of the Queen Victoria Museum. No. 113..
Filogeneza thumb|Jinlong Paleontolodzy obecnie zgadzają się co do ogólnych kwestii dotyczących pochodzenia ceratopsów, mimo że różnią się poglądami na temat pozycji poszczególnych rodzajów w drzewie filogenetycznym tej grupy. Od 2000 r. wykonano kilka analiz kladystycznych dotyczących bazalnych ceratopsów, jednak i tak ich pozycja systematyczna jest niepewna. Ceratopsy są obecnie definiowane jako dinozaury bliżej spokrewnione z triceratopsem niż pachycefalozauremSereno, P.C. 1998. A rationale for phylogenetic definitions, with applications to the higher-level taxonomy of Dinosauria. Neues Jahrbuch fur Geologie und Palaontologie: Abhandlungen 210: 41-83.. Według tej definicji najbardziej bazalnymi znanymi ceratopsami są: późnojurajski Yinlong oraz wczesnokredowy Chaoyangsaurus i członkowie Psittacosauridae. Wszystkie one zostały odkryte w północnych Chinach lub Mongolii. Posiadają one kość rostralną oraz poszerzaną ku dołowi kość jarzmową. Występowanie tych cech u najwcześniejszych ceratopsów świadczy, że posiadały one te cechy od początku swojej ewolucji. Do neoceratopsów zaliczane są wszystkie ceratopsy bardziej zaawansowane od psitakozaurów.