Tym razem również sprowadzili osiedleńców z Niemiec, a obok nazwy polskiej używano niemieckiej nazwy Neustadt (Newenstadt, Neestad), dlatego czasem zaliczano miejscowość do bielskiej wyspy językowej.
Od 1315 roku miasto było częścią księstwa oświęcimskiego. W latach 1445–1564 stolica księstwa zatorskiego powstałego z podziału księstwa oświęcimskiego.
W 1456 roku księstwo zatorskie zostało zhołdowane Polsce, dzięki czemu nastąpiła ponowna integracja terenów księstwa zatorskiego, jak i samego Zatora, z Małopolską. W 1494 roku ostatni książę zatorski Jan (Janusz) sprzedał księstwo królowi Janowi Olbrachtowi, zachowując prawo dożywotniego władania.
W 1513 roku włączony bezpośrednio do Korony Królestwa Polskiego (już jako część Małopolski). W 1564 roku wraz z całym księstwem oświęcimskim i zatorskim leżał w granicach korony w powiecie śląskim województwa krakowskiego jako siedziba starostwa niegrodowego. Po unii lubelskiej w 1569 roku księstwo Oświęcimia i Zatora (jako część ziemi krakowskiej) stało się częścią Rzeczypospolitej Obojga Narodów, w której pozostawało do I rozbioru w 1772 roku będąc w składzie prowincji małopolskiej. W XVI i XVII w. – centrum reformacji. W XV i XVI w. w Zatorze zbierał się sąd ziemski ławniczy zwany gajonym.