Po inkorporacji, wprowadzono prawo ziemskie polskie, na podstawie którego utworzono w mieście sąd ziemski, który orzekał przez blisko sto lat, do połowy XVII w. Po stuletniej przerwie, w 1765 roku wznowił działalność, jednak władze zaborcze zlikwidowały go w 1784 roku.
Wejście księstwa zatorskiego w skład Korony Polskiej umożliwiło osiedlanie się Żydów w Zatorze. Lustracja z 1564 r. stwierdzała w mieście tylko jednego Żyda, który płacił jedynie jeden grosz podatku pogłównego. Już jednak wkrótce większa grupa Żydów została osadzona pod zatorskim zamkiem. Starosta Zygmunt Myszkowski siłą zabrał propinację zatorskim mieszczanom i oddał ją tym Żydom. Mieszczanie wnieśli w tej sprawie protest do króla – Stefan Batory nakazał propinację zwrócić mieszczanom. Przy lustracji z 1765 r. stwierdzono, ...że Żydzi na Kamieńcu pod zamkiem mieszkający opłacali „protekcjonistycznego” zł 260, nowo zaś tamże osiedli Żydzi zł 240.