W 1778 roku rząd austriacki sprzedał dobra zatorskie ostatniemu staroście Fryderykowi Piotrowi Duninowi. Od tej pory, aż do drugiej wojny światowej, zatorszczyzna była w posiadaniu możnych rodów: Duninów, Poniatowskich, Tyszkiewiczów, Wąsowiczów, Potockich z tzw. linii wilanowskiej, ostatniej z linii krzeszowickiej. Uruchomienie linii kolejowej Skawina - Oświęcim przyczyniło się do ponownego ożywienia życia gospodarczego miasta. Powstawały nowe zakłady wytwórcze, rozwijało się rzemiosło, głównie plecionkarstwo i wikliniarstwo, kwitł handel, prosperowała gospodarka rybna.
W latach 1815–1866 – na mocy postanowień kongresu wiedeńskiego Zator, pozostając częścią austriackiej Galicji, został włączony do Związku Niemieckiego. Od XIX w. rozwijał się w mieście drobny przemysł, jednak coraz bardziej odstawało ono gospodarczo od sąsiednich, większych ośrodków. Od 1865 roku działa w mieście Straż Ogniowa, od 1871 roku Czytelnia Miejska, od 1891 roku Sąd Grodzki, od 1892 roku Urząd telegraficzny, od 1895 roku Towarzystwo Zaliczkowe (obecnie Bank Spółdzielczy). W 1896 roku Zator został pozbawiony praw miejskich, które odzyskał dopiero w 1934. W 1918 roku, po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, Zator został włączony w skład województwa krakowskiego. Podczas II wojny światowej został bezpośrednio wcielony do III Rzeszy.