Po rozbiorach Zator znalazł się w zaborze austriackim, wchodząc w skład Królestwa Galicji i Lodomerii. Początkowo, w latach 1775–1782, był siedzibą dystryktu zatorskiego w obrębie cyrkułu wielickiego. W latach 1782–1819 należał do cyrkułu myślenickiego, zaś w latach 1819–1850 i 1854–1860 do cyrkułu wadowickiego, a do 1865 r. do cyrkułu krakowskiego (w latach 1855-1867 w ramach powiatu (niem. Bezirk) Andrychów). Po reformie administracji od 1867 r. należał do powiatu wadowickiegoSzematyzm Królestwa Galicyi i Lodomeryi z Wielkiem Księstwem Krakowskiem na rok 1879, Lwów 1879 (od 1910 do 1918: powiatu oświęcimskiego).
W 1786 roku Ewaryst Andrzej, hr. Kuropatnicki w swym „Opisaniu królestw Galicyi i Lodomeryi” podał: Zator. Tu bywały sejmiki, sądy ziemskie i grodzkie. Akta tych xięstw w zamku, który znakomicie ozdobił i mieszkalnym uczynił teraz dziedzic JW. hrabia Dunin, przedtem starosta tutejszy, kawaler orderu ś. StanisławaEwaryst Andrzej Kuropatnicki: „Geografia albo dokładne opisanie królestw Galicyi i Lodomeryi”, Przemyśl 1786, s. 8.. W latach 1772–1918 cesarze austriaccy tytułowali się książętami Zatora (Herzog von Zator).