Struktura Siedziba Federalnego Urzędu Ochrony Konstytucji znajduje się w Kolonii, a w stolicy państwa – Berlinie – mieści się oddział BfV. Na czele służby stoi prezydent (od 2025 r. Sinan Selen) oraz wiceprezydent (od 2023 r. Silke Willems). BfV składa się z departamentów wyspecjalizowanych, jednostek wsparcia operacyjnego i jednostek usługowych (czerwiec 2020):
Departament Z – Służby centralne Departament TA – Analiza techniczna (wsparcie) Departament TX – Infrastruktura techniczna Departament S – Bezpieczeństwo wewnętrzne, Ochronne środki bezpieczeństwa i przeciwdziałanie sabotażowi, Nadzór i Doradztwo zarządzania jakością, Audyt wewnętrzny Departament O – Inwigilacja Departament C – Obrona cyberprzestrzeni Departament 1 – Wsparcie specjalistyczne Departament 2 – Prawicowy ekstremizm / terroryzm Departament 3 – Gromadzenie informacji technicznych Departament 4 – Kontrwywiad, Bezpieczeństwo gospodarcze Departament 5 – Ekstremizm cudzoziemców i lewicowy ekstremizm / terroryzm Departament 6 – Ekstremizm islamistyczny i terroryzm AfV – Akademia Niemieckich Służb Wywiadu Krajowego ZNAF – Edukacja i szkolenie thumb|180px|Thomas Haldenwang, prezydent BfV (2018-2024)thumb|180px|Sinan Selen, obecny szef BfV W 2019 r.