Są jednak przewidziane sytuacje, w których niezależność organizacyjna LfV jest ograniczana: w przypadkach współpracy międzynarodowej (koordynowanej przez BfV); w przypadkach, gdy rozpoznawane przestępstwa mają charakter federalny i są jawne podstawy podejrzewać, że dane przestępstwa stanowią bezpośrednie niebezpieczeństwo dla interesów państwa, wówczas BfV jest uprawniona do prowadzenia działań operacyjnych na obszarze jednego lub kilku krajów związkowych.
Kontrola Federalny Urząd Ochrony Konstytucji jest nadzorowany przez różne organy na różnych poziomach:
poziom kontroli administracyjnej: nadzór administracyjny i techniczny sprawuje Federalne Ministerstwo Spraw Wewnętrznych, Budownictwa i Kraju (BMI). Wdrażanie przepisów dotyczących ochrony danych i przestrzeganie odpowiednich przepisów dotyczących usług zapewnia Federalny komisarz ds. Ochrony danych i wolności informacji (BfDI). Kontrolę finansową nad BfV (oraz innymi niemieckimi służbami specjalnymi) sprawuje Federalny Trybunał Obrachunkowy (BRH).