Kompania Charlie miała wkroczyć do wioski z 1. plutonem na czele, zaatakować wroga i oczyścić wieś. Pozostałe dwie kompanie z Task Force Barker otrzymały rozkaz zabezpieczenia terenu i udzielenia wsparcia w razie potrzeby. Obszar ten został wyznaczony jako strefa swobodnego ostrzału, gdzie siły amerykańskie mogły rozmieszczać artylerię i przeprowadzać naloty na tereny zamieszkane, bez względu na ryzyko dla życia cywilów i osób niezaangażowanych w walkę.
Masakra Rankiem 16 marca o godzinie 7:30 około 100 żołnierzy z kompanii Charlie dowodzonej przez Medinę, po krótkim ostrzale artyleryjskim i śmigłowcowym, wylądowało śmigłowcami w Sơn Mỹ, wsi o bardzo nieregularnej zabudowie, będącej skupiskiem osad, pól ryżowych, rowów irygacyjnych, grobli i dróg gruntowych, łączących wiele przysiółków. Największe z nich to przysiółki Mỹ Lai, Cổ Lũy, Mỹ Khê i Tu Cung.
Żołnierze spodziewali się starcia z 48. batalionem Vietcongu, który był jedną z najskuteczniejszych jednostek wietnamskiej partyzantki. Chociaż żołnierze nie zostali ostrzelani po wylądowaniu, nadal podejrzewali, że partyzanci ukrywają się pod ziemią lub w chatach.