Koniec życia spędził w swej rezydencji – Oderburgu w Grabowie pod Szczecinem, poświęcając się wyłącznie swoim pasjom.
Rodzina Żoną Barnima IX Pobożnego (Starego) była Anna, córka Henryka II Średniego, księcia brunszwicko-lüneburskiego i Małgorzaty saskiej. Z ich związku pochodziło siedmioro dzieci: Aleksandra (ur. na przeł. 1525/1526 lub 1539/1540 i późn., zm. najp. 1544) – zmarła w wieku dziecięcym lub młodości, Maria (ur. 2 lutego 1527, zm. 16 lutego 1554) – żona Ottona IV, hrabiego Holsztynu na Schaumburgu, Dorota (ur. 7 lutego 1528, zm. 4 czerwca 1558) – żona Jana, hrabiego Mansfeld na Hinterort, Anna (ur. 5 lutego 1531, zm. 13 października 1592) – żona Karola, księcia Anhalt-Zerbst, Henryka VII, burgrabiego Miśni oraz Josta II, hrabiego Barby na Mühlingen, Sybilla (ur. 25 kwietnia 1541, zm. 21 września 1564) – narzeczona Ottona I, hrabiego Salm-Kyburgu, Wild i Rheingrafem, Bogusław XII (ur. 27 sierpnia 1542?, zm. 8 lub 9 września 1542?) – zmarł w wieku niemowlęcym, Elżbieta (ur. p. po 1544, zm. p. po 1554) – zmarła w dzieciństwieE. Rymar, Rodowód książąt pomorskich, s. 444–449..
Genealogia